La complicación potencial más seria de esta técnica es la posibilidad de inducir una convulsión no deseada en forma inadvertida.

Esto fue reportado por 1ra vez por Wassemann y col en 1998,en el NINDS: 4 de 250 pacientes estudiados (1,6 %),sometidos a EMTr  experimentaron una convulsión accidental. En base a la revisión de estos casos se publicaron los parámetros de seguridad del método.

Se determinó además que el riesgo de convulsión se incrementaba en relación con la intensidad del estímulo , la frecuencia y duración del Tren , así como con el número total de Trenes administrados. El riesgo se incrementa aún más mediante la utilización concomitante de fármacos que disminuyen el umbral convulsivo así como en pacientes con trastornos convulsivos previos o antecedentes familiares de los mismos.

La EMTr se administra en forma de Trenes múltiples en la mayoría de las investigaciones así como en las aplicaciones clínicas. El acortamiento del intervalo “Inter – Trenes “  añade otro parámetro que afecta la seguridad del método. Sabemos que la estimulación magnética no induce altas densidades de corriente como lo hace la eléctrica; es por eso que tiene un bajo efecto excitatorio sobre los receptores cutáneos para el dolor, lo que la hace prácticamente indolora .

La seguridad de la EMT está avalada por la larga experiencia derivada de los estudios con estimulación eléctrica cortical sobre animales , así como en estudios específicos sobre seguridad con EMT en humanos.

Las experiencias acumuladas desde 1983 sugieren la ausencia de efectos adversos , colaterales derivados de la aplicación de pulsos simples  , en sujetos normales , aunque podría inducir crisis en sujetos predispuestos. Estas crisis epilépticas son aisladas  y no originan ningún tipo de secuelas , ni siquiera atención específica posterior , mas que la derivada de la crisis misma en el momento de producirse.  Se han llevado a cabo muchos estudios que han brindado la  enunciación de los parámetros de seguridad que deben seguirse , para eliminar la posibilidad de producir una convulsión en un sujeto sano normal , no predispuesto. En 1996 tuvo lugar una reunión internacional de expertos en EMT en el NIH en Estados Unidos que generó recomendaciones , sobre la utilización adecuada de la EMT. Se han propuesto listas de contraindicaciones absolutas y relativas , así como una serie de recomendaciones  destinadas a obtener el máximo de seguridad, y prevención de posibles eventualidades.