1.- Dolor local, debido a la estimulación neuromuscular local y del cuero cabelludo (percibido como un hormigueo).

2.- Cefaleas de tensión, rápidamente aliviadas con analgésicos comunes.

3.- Sensación de malestar y/o eritema local debido al calor irradiado por la bobina (a los 40C la estimulación se interrumpe automáticamente ).

4.- Episodios vaso-vagales. (sincopales).

5.- Trastornos audiológicos reversibles (artefacto acústico bajo).

6.- Posibles trastornos cognitivos de muy corta duración e intensidad.

No se han demostrado pérdidas transitorias y/o permanentes de la audición pero el artefacto acústico puede ser algo molesto, en función de la sensibilidad acústica individual y de la frecuencia e intensidad de la estimulación ,  tanto para el sujeto como para el experimentador. Este fenómeno no deriva en ningún menoscabo de la capacidad auditiva de los sujetos expuestos a EMT , observándose tan solo cambios temporales en los umbrales del audiograma y tinnitus transitorio en sujetos expuestos a altas frecuencias de EMTr por encima de 25 Hz.  Esto se previene mediante la utilización de protectores en los oídos, lo que garantiza la seguridad de la EMT . No se han reportado cambios prolongados importantes de la memoria así como alteraciones cognitivas de importancia clínica. No se producen lesiones histopatológicas, neuropatológicas o estructurales cerebrales. Tampoco parece que la EMT tenga un efecto a largo plazo sobre el trazado electroencefalográfico de sujetos sanos , al menos en las evaluaciones realizadas hasta el momento. Sí se ha observado en registro de pacientes con focos epilépticos , visualizándose un aumento o una disminución en las frecuencias de las descargas de puntas y punta- onda dependiendo de la frecuencia de la EMT realizada.

A pesar de no existir alteraciones severas en sujetos normales se detectó una disminución del puntaje de la sub escala de memoria lógica en la escala de memoria de Wechsler administrada una hora después de la sesión de EMTr; estos cambios fueron transitorios no disponiéndose de datos sobre el seguimiento de esos pacientes. Puede afirmarse que la exposición a EMT , no produce ningún tipo de alteración de tipo cognitivo , neurológico , ni físico , ya se trate del corto o largo plazo .

Por ,ultimo la inocuidad a nivel celular y ultraestructural de la EMT ha sido ampliamente investigada , tanto en animales de experimentación , como en sujetos que iban a ser sometidos a intervenciones neuroquirurgicas luego de la exposición a EMTr. Los estudios anatomopatológicos no detectaron ninguna alteración significativa