Es una forma de estimulación no invasiva de la corteza cerebral humana. Es una de las herramienta mas recientemente adoptada por las Neurociencias que permite el estudio de los trastornos psicopatológicos en el hombre.. Consiste en la producción de una corriente eléctrica muy breve que al atravesar una pequeña bobina de alambre de cobre colocada sobre el cuero cabelludo, genera un campo magnético de suficiente intensidad como para traspasar el cráneo y despolarizar las neuronas de la corteza que se encuentran a 1.5 - 2 cm por debajo. La EMT puede administrarse en pulsos únicos o, desde hace pocos años, a modo de trenes (series de pulsos regulares repetitivos), de frecuencia y duración variables. En este último caso recibe el nombre de Estimulación Magnética Transcraneana Repetitiva (EMTr), siendo  esta variante, mucho más eficaz para modificar la actividad de la corteza cerebral de forma duradera. Se distinguen, por lo tanto dos  tipos de  aplicación: la EMT simple y la EMT repetitiva.. El estimulador magnético se compone de un banco de condensadores que almacenan el voltaje necesario en función de los parámetros  de intensidad del estímulo requerido, para generar un campo eléctrico en la bobina de estimulación.

Se ha utilizado la aplicación de pulsos simples de EMT para comprobar la excitabilidad de las redes neuronales, lo que permite comparar el nivel de activación de diferentes estructuras cerebrales ( en distintos momentos), al mismo tiempo en  que se realiza una tarea determinada. Las redes neuronales pueden  también bloquearse. Mediante la aplicación focalizada de pulsos simples ,  permite realizar  un mapa , o cartografía de la musculatura contralateral.,en diferentes momentos y condiciones, en un mismo individuo. Esto  convierte esta técnica  en una herramienta de lujo para el estudio de la plasticidad cerebral , luego de lesiones en el sistema nervioso central o periférico.

Dos de sus características más destacables, que la diferencian de la estimulación eléctrica transcraneana (electroshock) es que no se difunde por la corteza, desencadenando crisis comiciales, ni estimula terminaciones nerviosas sensitivas, por lo que es indolora. En los últimos años está aumentado considerablemente el número de artículos en revistas  científicas y son cada vez más las reuniones internacionales donde se abordan las  últimas investigaciones sobre esta intervención neurobiológica. Con ello se intenta contribuir  a la enunciación y   adopción de normas de seguridad  , parámetros de administración, dosis, indicaciones, contraindicaciones, etc. La seguridad  de la EMT está avalada por la larga experiencia derivada de estudios con  estimulación eléctrica cortical en  animales y humanos, así como los estudios específicos en materia de seguridad  utilizando EMT en humanos. Los resultados obtenidos en estudios sobre depresión y otras psicopatologías demuestran una potencionalidad terapéutica en la aplicación de esta nueva técnica, aunque los mecanismos y las leyes subyacentes a los cambios conductuales, producidos luego de la EMT , permanecen  aún parcialmente desconocidas.

En psiquiatría, los estudios fisiopatológicos y terapéuticos han abordado hasta ahora la esquizofrenia, el trastorno obsesivo - compulsivo y sobre todo la depresión. Es precisamente en este último campo donde más interés ha suscitado hasta ahora, y ya se dispone de estudios controlados que demuestran la eficacia clínica,  y su papel como tratamiento antidepresivo. Uno de sus primeros usos fue la supresión selectiva del habla al aplicarse sobre el área de Broca, como método de  confirmación  del hemisferio dominante para el lenguaje antes de la resección quirúrgica de focos epileptógenos. Se ha empleado además  para explorar procesos cognitivos y perceptivos; aprendizaje motor, memoria de trabajo o percepción visual y atención, también se ha utilizado para el estudio de la fisiopatología de enfermedades neurológicas como la epilepsia, mioclonias, síndrome de Gilles de la Tourette, migraña, Parkinson o enfermedades vasculares cerebrales .Es útil, en general , para el estudio de los correlatos fisiológicos de las funciones cognitivas.En este sitio se revisan los aspectos históricos  y  técnicos de la EMT, se describen los efectos adversos y cómo prevenirlos, se resumen las aplicaciones de la EMT en la investigación de la fisiología de distintas funciones cerebrales y se discute la posibilidad de utilizarla  en el tratamiento de enfermedades neuropsiquiátricas . La combinación de EMT con técnicas de neuroimagen funcional reflejan una capacidad por parte de la EMT para exacerbar y /o modular la excitabilidad de redes corticales , y cortico sub corticales . La combinación con técnicas  neuro funcionales de alta resolución, y sus correlatos conductuales ,  han convertido esta nueva metodología en una herramienta de incalculable valor para el tratamiento de determinadas psicopatologías , y el estudio de la  relación causa  efecto entre el cerebro y la conducta.